DESPOT:为知识型蛋白–配体打分引入方向性
- 知识型势函数可解释性强,但多数把蛋白原子周围空间视为各向同性。
- DESPOT是全原子各向异性势函数,按杂化与成键环境把原子分为各向同性、轴对称和完全各向异性三类。
- 它采用位置平均的参考态和“空位”配体原子类型,从而能表示倾向于保持空缺的区域。
- 作者将其定位为考虑方向性的知识型打分新方法。
💡 要点
氢键、卤键和π接触恰恰需要方向性,而各向同性势函数会把这些信息模糊掉,所以这正对应我筛选对接构象时的真实痛点。用“空位”原子类型表示配体回避的口袋区域也很巧妙。在采信之前,我会先看它在自己的靶点和诱饵集上的表现,而不只是公开基准,以及它能否对同系列化合物排序,而不只是区分活性分子与诱饵。
DESPOT: Direction-Enhanced Scoring POTentials for Scoring of Protein–Ligand Interactions ↗