DESPOT:方向性を取り入れた知識ベースのタンパク質–リガンド・スコアリング
- 知識ベースポテンシャルは解釈しやすいスコアリング関数ですが、多くはタンパク質原子周囲の空間を等方的に扱います。
- DESPOTは全原子の異方性ポテンシャルで、混成状態と結合環境に応じて原子を等方・軸対称・完全異方の三つに分類します。
- 位置平均した参照状態と「空(void)」のリガンド原子型を用い、意図的に空けられた領域も表現できます。
- 著者らは、方向性を考慮する既存手法の発展形と位置づけています。
💡 ポイント
水素結合、ハロゲン結合、π接触が必要とするのは方向性で、等方的ポテンシャルはそこをぼかしてしまいます。ドッキングポーズの選別で私が実感している弱点を、まさに突く手法です。リガンドが避ける領域を表すvoid原子型もうまい工夫です。信用する前に確かめたいのは、ベンチマークだけでなく自分の標的やデコイ集合での性能と、活性体とデコイの分離だけでなく同族系列の順位づけができるかどうかです。
DESPOT: Direction-Enhanced Scoring POTentials for Scoring of Protein–Ligand Interactions ↗