2026-09-24 · Computational binding free energy (MM/GBSA) / PTM-aware design · Journal of Medicinal Chemistry (ACS)
PLAC数据集检验MM/GBSA能否预测PTM对配体结合的影响
MM/GBSAmolecular dynamicspost-translational modificationcomputational screeningdataset
- 作者整理了PLAC数据集，收录经实验验证的翻译后修饰(PTM)引起的配体活性变化；产生影响的PTM往往比无影响者更靠近配体。
- 他们在不同分子动力学时长和内部介电常数下，系统评估了终点法MM/GBSA方案。
- 较长的MD加较高介电常数与实验相关性最好，而较低介电常数更善于区分增强、减弱与中性。
💡 要点 没有人围绕PTM状态搭建SAR，但它常常能悄悄解释为何强效结合分子在细胞里失效。相比再调一次打分函数，一个经过整理的基准集对我更有价值，因为终于有了可以检验的参照。排序与分类所需介电常数不同，这是个实用提醒：方案要按真正想回答的问题来选。
Predicting the Post-translational Modification Effects on Protein−Ligand Interactions via End-Point Binding Free Energy Calculation: Database Creation and Strategy Optimization ↗