动态组合化学发现亚皮摩尔级凝血酶抑制剂
- 研究人员采用了动态组合化学(DCC),这是一种先导化合物发现方法:可逆的化学构建单元在靶标存在下不断组合与重组,使靶标本身能够挑选出与其结合最强的组分。
- 一种新平台以短肽核酸(PNA)标签为模板,构建三片段组合,形成一个包含12.5万种三价组装体的文库,用于针对凝血酶进行筛选。
- 候选复合物通过尺寸排阻过滤分离,并通过MALDI质谱鉴定,使从筛选到读出的整个流程可在一小时内完成。
- 凝血酶优先富集能同时结合其活性位点及两个外位点的组合,这种三价结合模式是其超高结合亲和力的基础。
- 最终获得的组装体是一种完全可逆的抑制剂,具有亚皮摩尔级亲和力,并实现了接近化学计量比的凝血酶抑制效果。
💡 要点
DCC长期以来都被DEL和FBDD盖过风头,但这个结果可能会改变这一局面——通过PNA模板化和MALDI读出实现的不到一小时的选择-读出周期,正说明了长期以来阻碍DCC实用化的真正瓶颈(缓慢的动力学和繁琐的分析手段)正在被逐步解决。不过,这种亲和力可不是靠运气得来的——研究者刻意设计了一个三价配体,让它同时桥连凝血酶的活性位点和两个外位点,这是对已被充分解析的外位点结构的理性利用,是教科书式的多价策略。但我也保持一份怀疑:一个PNA模板化的三价组装体能达到亚皮摩尔级亲和力,几乎可以肯定分子量大、带电性强、成药性不佳。在看到分子量、PK和口服生物利用度的数据之前,我更愿意把它看作一个工具化合物或长效注射候选物,而非口服药物苗头。尽管如此,作为DCC应用于其他富含外位点的多靶点的概念验证,这套方法值得借鉴。
Discovery of a Reversible Sub‐Picomolar Thrombin Inhibitor Using DCC ↗