2026-10-07 · Structure-based pose prediction (SARS-CoV-2 Mpro) · Journal of Medicinal Chemistry (ACS)

ポーズ予測の精度は、骨格あたり結晶構造約5個で頭打ちに

dockingstructure-based designCOVID Moonshotpose predictioncomputational

オープンサイエンスのCOVID Moonshotによる403件のSARS-CoV-2主プロテアーゼ構造を用い、新規結晶構造をいくつ取得する価値があるかを検証した。
類似リガンドの参照構造が最良のポーズ予測を与え、成功率はBemis-Murcko骨格あたり約5構造で頭打ちとなり、リード系列では95%を超えた。

💡 ポイント

構造生物学に具体的な予算の目安を与える結果で、骨格あたり約5構造を超えると、追加のソーキングがポーズ予測に与える利得は小さい。ただしMproは剛直で扱いやすいポケットなので、柔軟なキナーゼや誘導適合型の標的にこの数字をそのまま当てはめるべきではない。